Nascido no Recife em 5 de setembro de 1931, Marcos de Barros Freire iniciou sua sua vida pública na política estudantil quando era aluno da Faculdade de Direito do Recife, vindo a concluir o curso em 1955. Naquele mesmo ano, tornou-se oficial de gabinete do então prefeito do Recife Djair Brindeiro. Já na gestão de Pelópidas da Silveira, Marcos Freire exerceu diversos cargos, dentre eles o de chefe de gabinete do prefeito, continuando na prefeitura durante a gestão de Miguel Arraes.
Em paralelo seguiu sua carreira acadêmica, como professor da Faculdade de Ciências Econômicas, função que ocupou até 1968. Freire também foi professor da Escola de Administração da Universidade de Pernambuco até 1970. Na gestão de Miguel Arraes chefiou o departamento da Procuradoria Geral do Recife até 1963. Com a volta de Pelópidas para a prefeitura, foi secretário de Assuntos Jurídicos e de Abastecimento e Concessões, ficando no cargo até 31 de março de 1964, quando o presidente João Goulart foi deposto pelo regime militar e Miguel Arraes e Pelópidas da Silveira foram cassados e presos.
Já afastado do cargo de secretário, Marcos Freire foi para o Rio de Janeiro em 1965 e lá estudou análises econômicas no Conselho Nacional de Economia e fez o curso de técnicas de ensino da PUC, tornando-se professor-titular de direito constitucional da Faculdade de Direito do Recife ao voltar para a capital pernambucana.
Em 1968 lançou-se candidato a prefeito de Olinda pelo MDB, ao vencer a disputa derrotando dois candidatos da ARENA, Marcos Freire acabou renunciando ao cargo dois dias depois de tomar posse em virtude do AI-5 que cassou o seu vice-prefeito. Novamente afastado da política, passou a lecionar na Escola Superior de Relações Públicas do Recife até 1970 quando convidado pelo presidente nacional do MDB, senador Oscar Passos, tentou seu primeiro mandato como deputado federal pelo partido.
Eleito como o mais votado daquele pleito, Marcos Freire assume seu mandato na Câmara dos Deputados em fevereiro de 1971 e junto com Fernando Lyra, José Alencar Furtado e outros nomes do partido, integrou o grupo dos autênticos do MDB, uma ala mais à esquerda do partido que representava a oposição na época. Em maio do mesmo ano, Freire torna-se vice-líder do seu partido na Câmara Federal.
Em novembro de 1974 candidata-se ao Senado Federal e enfrentando o senador João Cleofas, que era apoiado pelo regime militar, sagra-se vitorioso por uma diferença de mais de 120 mil votos. A bela campanha utilizou o slogan “Sem ódio e sem medo” e acabou com o surpreendente resultado de derrotar o candidato oficial do regime.
Investido no mandato de senador da República em 1975, Marcos Freire notabilizou-se como um ferrenho opositor do regime militar e defensor da abertura democrática no país, encampou a tese da anistia chegando a criticar o projeto de anistia parcial do senador Dinarte Mariz, mas em 1979 o presidente João Figueiredo decretou a anistia irrestrita.
Em setembro de 1979, Marcos Freire foi signatário e expositor de uma proposta de pacto social apresentada por dezessete senadores do MDB e que discutia temas como inflação, balança de pagamentos, energia, desigualdades regionais, dentre outros. Freire foi contrário à instalação do pluripartidarismo por acreditar que o MDB poderia manter diversas correntes ideológicas na agremiação. Mas com o pluripartidarismo, o MDB passou a se chamar PMDB.
Nas eleições de 1982 travou uma batalha interna com o ex-governador Miguel Arraes pela indicação do partido para a disputa pelo governo de Pernambuco. Apoiado por Jarbas Vasconcelos, prevaleceu a tese de que Marcos Freire por ter enfrentado o regime aqui no Brasil merecia ser candidato a governador. Arraes acabou sendo, junto com o próprio Jarbas, candidato a deputado federal naquele pleito.
Na disputa, Marcos Freire que teve como companheiros de chapa Fernando Coelho na vice e Cid Sampaio para o Senado, acabou derrotado por Roberto Magalhães, que tinha Gustavo Krause na vice e Marco Maciel para o Senado. Com a abertura das urnas, por uma diferença de menos de 100 mil votos, impulsionado pela força do PDS no interior, Roberto Magalhães sagrou-se vitorioso juntamente com Marco Maciel.
Com a derrota da emenda Dante de Oliveira que defendia as eleições diretas, mesmo sem mandato, Marcos Freire atuou na eleição indireta do governador de Minas Gerais, Tancredo Neves, para a presidência da República. Com o projeto da Aliança Democrática vitorioso, Marcos Freire, que era presidente estadual do PMDB, foi convidado a assumir a presidência da Caixa Econômica Federal, ocupando o posto no governo Sarney, que assumiu a presidência com a doença de Tancredo.
Em 1985, com a volta das eleições diretas para prefeito, Marcos Freire reassumiu o posto de presidente estadual do PMDB após licença e comandou a escolha de Sérgio Murilo como candidato da Aliança Democrática a prefeito do Recife, impedindo a candidatura de Jarbas Vasconcelos pelo partido. Freire foi acusado de se aliar àqueles que combateu a vida inteira. Jarbas, apoiado por Miguel Arraes, disputa a prefeitura do Recife pelo PSB e acaba derrotando Sérgio Murilo numa das campanhas mais sangrentas da história do Recife.
Em 1986, Marcos Freire teve seu nome cogitado para disputar o Senado na chapa de Miguel Arraes, mas preferiu continuar o cargo de presidente da Caixa para seguir o cronograma de ações que estava implementando no órgão. As ações de Freire na Caixa foram bastante elogiadas, e com a decisão do presidente Sarney de extinguir o Banco Nacional de Habitação, cujas operações foram absorvidas pela CEF, ela se tornou a maior agência de desenvolvimento social do continente.
Em junho de 1987, Marcos Freire deixou a presidência da Caixa Econômica Federal para ocupar o ministério da Reforma e Desenvolvimento Agrário, em substituição a Dante de Oliveira. Já na condição de ministro sofreu forte oposição de grandes proprietários de terra e enfrentou dificuldades dentro do próprio governo para implementar uma política de distribuição de terras no país.
Três dias depois de completar 56 anos de idade, em 8 de setembro de 1987, o avião em que viajava explodiu logo ao decolar na cidade de Carajás, no Pará. Além dele, morreram o presidente do INCRA, José Eduardo Raduan, e alguns assessores. O acidente que vitimou Freire e os ocupantes do voo teve muitas dúvidas de sabotagem, cujas investigações nunca tiveram definição quanto a causa do acidente.
Durante seu enterro, que reuniu milhares de pessoas, a multidão gritava palavras de ordem dizendo que haviam matado Marcos Freire. Acidente ou atentado, o fato do dia 8 de setembro de 1987 encerrou a trajetória de uma forte liderança política pernambucana, que ainda tinha muito a oferecer a Pernambuco e ao Brasil. Sem ódio e sem medo, Marcos Freire ficou gravado na história de Pernambuco como um de seus principais homens públicos.